Milhares de anos depois de um fenómeno misterioso ter transformado toda a humanidade em pedra, um rapaz extraordinariamente inteligente e com uma forte vocação científica, Senku Ishigami desperta. Perante um mundo de pedra e o colapso generalizado da civilização, Senku decide usar a sua mente para o reconstruir. Ao lado de Taiju Oki, o seu amigo de infância incrivelmente forte, começam a reconstruir a civilização a partir do zero... Representando dois milhões de anos de história científica, desde a Idade da Pedra até aos dias de hoje, esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!