FBI é um drama intenso sobre o funcionamento interno do escritório nova-iorquino do Federal Bureau of Investigation. Esta unidade de elite põe todo o seu talento, intelecto e perícia técnica ao serviço de casos de relevo de forma a manter Nova Iorque e o país seguros.
As coisas tornam-se pessoais para OA quando uma bomba detona num restaurante em Queens que ele costumava frequentar desde sempre. Contudo, aquilo que inicialmente parecia ser um ataque terrorista revela-se bem mais complexo e OA vai em missão para impedir outro incidente, na estreia da segunda temporada.
Quando o filho de uma blogger de parentalidade é raptado, a equipa tem de percorrer os seus dois milhões de seguidores para encontrar o culpado. E ainda, Kristen continua a ajustar-se ao trabalho com o seu novo parceiro, Stuart Scola (John Boyd).
Quando uma forte candidata presidencial, Valerie Caldwell (Sasha Alexander), é alvo de um ataque bomba, OA e Maggie têm de encontrar o bombista antes que ele volte a atacar. O caso leva-os a questionar se esta pessoa pretende atingir Caldwell pelas suas aspirações políticas ou por outra questão.
Após um tiroteio num clube noturno, parece que o FBI poderá ter ignorado ameaças anteriores de um grupo supremacista branco local. E ainda, Kristen luta para conjugar o seu compromisso com a agência e a sua responsabilidade em relação à comunidade.
Jim Russo (Claybourne Elder), um marido dedicado e pai de dois filhos, é raptado após se ter envolvido acidentalmente em negócios ilegais. E ainda, Jubal tem de tomar uma decisão difícil a respeito da sua família e do seu futuro.
Quando um investidor da bolsa de Wall Street é assassinado, a equipa investiga uma rede de tráfico de informações que usa métodos pouco convencionais para obter informação. E aind, OA luta para manter a confiança na sua relação recente com Mona (Yasmine Aker).
Quando um membro do conselho de uma empresa que, em breve, será pública de tecnologia médica é assassinado, a equipa tenta descobrir quem teve mais a ganhar com sua morte. E ainda, OA está num dilema quando a pressão para ajudar um familiar entra em conflito com o seu compromisso de dizer a verdade.
A equipa descobre que há mais para além do óbvio quando investiga as circunstâncias que envolvem um acidente de viação que resultou na morte de um fotógrafo. E ainda, Maggie simpatiza com a viúva do fotógrafo, Annie Weber (Erica Fae), quando encontra semelhanças entre este caso e a morte do seu marido.
O professor Patrick Miller (Evan Williams) desaparece após uma discussão com um aluno, o que faz com que a equipa investigue toda a gente que pudesse ter alguma coisa contra ele. E ainda, uma testemunha-chave oferece-se para ajudar e Maggie faz tudo o que pode para assegurar a sua segurança.
Uma antiga vítima de rapto está ligada a uma série de homicídios que incluem a filha de um detective do Departamento de Polícia de Nova Iorque. E ainda, Kristen duvida das suas capacidades como agente quando um exercício de treino a deixa abalada.
Quando um homem de negócios com um historial de queixas de assédio contra ele é morto, a equipa suspeita que o responsável poderá ser uma das pessoas que o acusaram.
Um assalto a um banco leva a equipa a um cofre cujo conteúdo tem potencial para destruir a segurança nacional. E ainda, Kristen está ansiosa por voltar ao terreno enquanto os outros membros da equipa ainda têm reticências.
Quando um advogado americano é encontrado morto perto do corpo de uma acompanhante de luxo, a equipa tem de descobrir o que liga estas duas vítimas. E ainda, a ligação de Jubal a uma das vítimas torna a descoberta do homicida muito mais pessoal.
Quando um advogado americano é encontrado morto perto do corpo de uma acompanhante de luxo, a equipa tem de descobrir o que liga estas duas vítimas. E ainda, a ligação de Jubal a uma das vítimas torna a descoberta do homicida muito mais pessoal.
Quando um camião cheio de carabinas de perfuração é sequestrado, a equipa trabalha para descobrir quem o roubou e quais são os planos para as armas roubadas. E ainda, um amigo do passado de OA na inteligência militar volta para dar apoio ao caso, mas OA não tem a certeza de poder confiar no seu julgamento.
Depois de a polícia ignorar um pedido de ajuda de um pai desesperado, este rapta a filha de um bilionário e mantém-na prisioneira, numa casa segura perto do local do crime, até o seu filho voltar para os seus braços. Jubal, por outro lado, testa as suas competências de negociação de reféns.
Quando a equipa é chamada ao cenário de um homicídio, rapidamente suspeitam de motivações policiais, mas quando ocorre outro homicídio, trabalham para encontrar pontos em comum antes que aconteçam mais crimes. E ainda, Maggie tem de tomar uma decisão que poderia afetar toda a sua carreira.
Jess LaCroix e a sua equipa ajudam OA a encontrar um fugitivo que LaCroix prendeu há anos atrás quando um autocarro com 26 alunos desaparece e ele se torna no principal suspeito.
A equipa do FBI investiga um negócio de droga que correu mal, depois de o corpo de uma jovem estudante ter aparecido. Entretanto, a detetive Hailey Upton é encarregada pelo comandante Hank Voight de uma missão temporária no gabinete do FBI, em Nova Iorque. Os métodos pouco ortodoxos da detetive acabam por contrastar com o ambiente que se vive na unidade.
