Marmalade Boy conta o dia-a-dia de Miki Koishikawa, uma menina muito energética e simpática. A história começa com os pais de Miki anunciando seu divórcio, com um sorriso, e dizendo que pretendem trocar de casais e casar-se novamente com os Matsuura, um casal que conheceram no Havaí. Para completar, os Matsuura possuem um filho da mesma idade de Miki, Yuu, que é muito bonito e popular. E os seis irão morar na mesma casa, para desespero de Miki. Ginta, um amigo de Miki, e antigo amor, sente-se muito enciumado com a chegada de You, e acaba se tornando um triângulo amoroso. Miki fica muito confusa, e sempre desabafa com sua melhor amiga, Meiko, que é bastante madura. Muitos outros personagens importantes irão aparecer no decorrer da história, que é cheia de triângulos amorosos, mas todos acabam se tornando grandes amigos. É uma história sobre romance, confusões adolescentes e problemas familiares.