Fox Mulder e Dana Scully são dois agentes do FBI. De visões opostas sobre certos aspectos (ele acredita no sobrenatural, ela é cientista; ele é descrente, ela é religiosa), os dois fazem parceria na investigação de casos que desafiam a Lógica e a Ciência, entrando no campo do Sobrenatural. Mas Mulder e Scully vão também descobrir uma tenebrosa conspiração, que dura há décadas, que visa esconder a existência de vida extraterrestre. Uma conspiração que vai revelar contornos muito próximos a ambos.