O ano é 2034. Passaram-se dois anos desde que Motoko Kusanagi deixou a Secção 9. Togusa é agora o novo líder da equipa, que aumentou consideravelmente o seu pessoal nomeado. A nova Secção 9 confronta uma onda de incidentes complicados, e as investigações revelam que um hacker ultra sofisticado está por detrás de toda a série de eventos.