20.000 anos no futuro, na Terra, Godzilla está no topo do ecossistema, e os humanos lutam para retomar o planeta. Na Terra, os kaiju aparecem, e o ser supremo de Godzilla surge para os exterminar. Após meio século de guerra entre Godzilla e os kaijuu, a humanidade elabora um plano para escapar do planeta. Um grupo de humanos escolhidos pela IA embarca numa nave chamada Aratram para viajar 11,9 anos-luz para um novo planeta, que gira em torno da estrela Tau Ceti na constelação de Cetus. Viajaram durante 20 anos, para descobrir que este não consegue suportar vida humana. O protagonista é Haleo, que viu Godzilla matar os seus pais diante dos seus olhos quando tinha quatro anos. Durante a viagem de 20 anos, só pensou em regressar à Terra e matar Godzilla para vingar os seus pais. Junta-se a uma equipa que realizará uma perigosa viagem pelo hiperespaço para regressar à Terra. No entanto, ao chegarem, descobrem que passaram 20.000 anos na Terra e o mundo que conheciam mudou completamente.