Enquanto trabalham numa instalação subterrânea para reparar uma conduta de água, os canalizadores naturais de Brooklyn Mario e o seu irmão Luigi são transportados através de um tubo misterioso para um novo mundo mágico. Mas quando os irmãos são separados, Mario embarca numa missão épica para se reencontrar com o irmão com a ajuda de Princesa Peach e Toad.