Os sacrifícios de heróis de guerra, Amuro Ray, o 105º ano do Século Universal testemunha uma era de paz, de curta duração. A Federação Terrestre mantém o controlo sobre o planeta e as colónias espaciais. A rebelião de Char Aznable contra a Federação fracassou, a filosofia revolucionária de liberdade para os seres humanos continua viva. Apesar de ser filho de um famoso comandante da Federação, Hathaway Noa personifica a lealdade imorredoura do soldado Amuro Ray como a paixão militante do líder rebelde Char Aznable. Assombrado pelas memórias da Rebelião de Char, Hathaway lidera uma facção dissidente, a Mafty. Adopta o pseudónimo "Mafty Navue Erin" e comete actos de violência contra a Federação. Frustrada a tomada do avião pelo grupo terrorista Mafty, a identidade secreta de Hathaway é descoberta por uma jovem; Gigi Andalucia. Hathaway torna-se amigo de Gigi e do coronel, Kenneth Sleg, mas a sua vida dupla coloca-os em perigo, à medida que o conflito armado entre Mafty e a Federação.