Kono naka ni Hitori, Imouto ga Iru! ou KonaImo vai contar a história de dois irmãos separados no nascimento que tem a chance de se encontrar no ensino médio. Clichê? Talvez, se não fosse o fato de que a pedido do seu pai, Shougo se transfere para a escola que sua irmã menor estuda, mas não sabe quem ela é pois ela quer reatar os laços de amizade entre os dois sem que ele saiba antes de se apresentar como sua irmã mais nova. O problema é que em uma escola cheia de garotas, Shougo acaba se tornando bem popular, e agora ele pretende descobrir quem é sua irmã mais nova e ao mesmo tempo arranjar uma namorada. Como fazer para conseguir os dois sem fazer sua irmã virar “estatística”?