O ano é 2027, um ano seguindo o fim da 4ª Guerra Mundial não-nuclear. Uma bomba explodiu em Newport City, matando um grande traficante de armas que podia ter laços com a misteriosa Unidade 501. O oficial de Segurança Pública Amaraki Daisuke contrata Kusanagi Motoko, uma extraordinária hacker que usa um ciber-corpo totalmente protético para investigar, mas no caso com ela está Batou "Olhos Que Nunca Dormem" que acredita que ela é uma criminosa, o Detetive Togusa de Niihama que está investigando uma série de assassinatos de prostitutas e acredita que estão ligados ao incidente e o Tenente-Coronel Kurts da Unidade 501 que também deseja ficar de olho em Kusanagi.