Monster Rancher conta a história de Genki, um garoto viciado em videogames que ganha como prêmio por ter vencido uma competição um novo jogo que ainda não saiu no mercado. Mas, para sua surpresa, quando ele tenta jogá-lo, vai parar dentro do jogo, em outro mundo. Nesse mundo, os humanos vivem pacificamente, na maior parte do tempo, com os monstros que lá existem. Junto de uma garota, Holly, e vários monstros, entre eles Suezo, Mocchi, Lebre, Tigre e Golem, ele descobre um mundo completamente diferente do seu, onde o vilão Moo quer controlar todos os monstros e destruir o mundo, então o grupo sai em busca da fenix para revive-la.