O ano é 2199. A raça humana foi esmagada em sua guerra com os Gamilos, levada às cidades subterrâneas pelo ataque do invasor. Os cientistas estimam que eles têm apenas um ano. Os jovens oficiais Susumu Kodai e Daisuke Shima recebem uma cápsula misteriosa de uma nave que fez um pouso de emergência em Marte e retornam com ela para a Terra. Ele contém a última esperança da humanidade: o planeta Iscandar do outro lado da Galáxia de Magalhães tem a tecnologia para derrotar os Gamilos e restaurar o planeta. O encouraçado espacial Yamato é encarregado dessa tarefa, mas eles têm apenas um ano antes que a humanidade termine.