Próximo do fim do século XIX, Allen Walker se junta oficialmente à organização de Exorcistas que destrói os seres conhecidos como Akuma, armas mecânicas criadas pelo Conde do Milênio com as almas penadas dos mortos. Allen tem um olho amaldiçoado e uma arma anti-Akuma em seu braço, carregando o poder de "Innocence", um dom dado a ele como um apóstolo de Deus. Allen, junto de seus colegas exorcistas devem colocar um fim no plano final do Conde do Milênio que poderia levar à destruição do mundo e todos que nele vivem.