Macross Delta se passa em 2067, 8 anos após os eventos de Macross Frontier. A história segue Walkure, um time de idols talentosas e pilotos de Valkyrie e o Esquadrão Delta, um time de pilotos de Valkyrie experientes enquanto enfrentam a Var Syndrome, uma entidade misteriosa que está consumindo a galáxia. Mas ambos devem enfrentar os Cavaleiros Aéreos, um grupo de Valkyries do Reino do Vento.