Após perder sua família em um incêndio catastrófico, Shirou é salvo e adotado por Kiritsugu Emiya, que lhe ensina os caminhos da magia e da justiça. Uma noite, anos após a morte de Kiritsugu, Shirou está limpando a escola quando se vê no meio de um confronto mortal entre dois super-humanos. Desesperado, ele acaba realizando um feitiço acima de sua capacidade mágica, convocando acidentalmente uma bela cavaleira para protegê-lo. Os dois agora devem participar da Quinta Guerra do Santo Graal, uma batalha onde sete servos e os magos que os convocaram lutam para adquirir um poderoso artefato que, segundo a lenda, pode realizar qualquer desejo.