Jest rok 0083 uniwersalnego wieku. Zbuntowane Księstwo Zeonu zostało pokonane w wojnie rocznej przez Federację Ziemi. Jednak frakcja resztek Zeona pod wodzą Aguille Delaz uciekła z ostatecznej bitwy, ukrywając się. Po trzech długich latach próbują ponownie powstać, wysyłając asa pilota Delaza, Anavel Gato, do infiltracji bazy badawczej Federacji, aby ukraść jeden z dwóch potajemnie opracowanych prototypów Gundamów wraz z ich śmiercionośną głowicą nuklearną. Zagrożona zbuntowanym skafandrem Gundama i starająca się zachować pokój, Federacja Ziemi mobilizuje nowo opracowany lotniskowiec Albion, aby odzyskać skradzioną jednostkę. Obsadzony przez pozostałych pilotów testowych, z początkującym pilotem Kou Uraki pilotującym pozostały prototyp Gundam, Albion i jego załoga są zdeterminowani, aby zatrzymać Gato, odzyskać skradziony Gundam i zapobiec kolejnej wojnie pozostałości Zeona.