Jest rok P.D. 323. Trzy wieki po katastrofalnej wojnie, organizacja wojskowa Gjallarhorn utrzymuje nowy porządek świata, ale ziarna nowego konfliktu są zasiane na Marsie. Prywatna firma ochroniarska przyjmuje misję eskortowania przywódcy rewolucji Kudelii Ainy Bernstein na Ziemię, a dzieci-żołnierze firmy powstają w buncie przeciwko dorosłym, którzy ich zdradzili. Wśród nich jest Mikazuki Augus, który zostaje pilotem Gundam Barbatos, strasznego reliktu pozostałego po Katastrofalnej Wojnie.