Fabuła serialu "Manhattan" skupia się na tajnej misji, której celem jest zbudowanie pierwszej bomby atomowej w Los Alamos w Nowym Meksyku. Głównymi bohaterami są naukowcy podejmujący próbę funkcjonowania w świecie, w którym każdy sekret i kłamstwo ma wpływ na ich życie. Serial oparty jest na prawdziwej historii, bowiem Manhattan Engineering District to oficjalna nazwa kodowa programu prowadzonego przez Stany Zjednoczone, który zmierzał do konstrukcji i produkcji bomby atomowej. Szerzej znany jest on jako Manhattan Project.