Akcja rozgrywa się w alternatywnej Ameryce, w której czarownice zakończyły wymierzane na nie prześladowania, zawierając umowę z rządem, by walczyć za kraj. Motherland: Fort Salem śledzi losy trzech młodych kobiet, od momentu szkolenia aż do ich rozmieszczenia, które zwalczają zagrożenia terrorystyczne za pomocą nadprzyrodzonych taktyk