Anime garściami czerpie z bogatej historii tytułu. Już na samym początku zostajemy uraczeni przeniesieniem na ekran finału Dark Phoenix Saga, którą wielu uważa za najlepszą przygodę wydaną pod tym szyldem. Za sprawą manipulacji organizacji Hellfire Club, Jean Grey, drużynowa telepatka i telekinetyczka, zwróciła się przeciwko swoim towarzyszom, zmuszając swojego ukochanego, Scotta „Cyclopsa” Summersa, do zabicia jej. Po tym tragicznym wydarzeniu zespół został rozwiązany. Rok później do profesora Xaviera zgłaszają się rodzice młodej mutantki, Hisako Ichiki, która zaginęła w tajemniczych okolicznościach. Charles zbiera z powrotem członków zespołu – Cyclopsa, Storm, Beasta i Wolverine'a – aby wysłać ich z misją odnalezienia dziewczyny. Bohaterowie bardzo szybko odkrywają powiązania ze sprawą organizacji U­‑Men, fanatycznego kultu, który porywa mutantów i wszczepia swoim członkom ich organy, by zyskać ich moce. Jest to jednak dopiero początek znacznie większej intrygi, powiązanej z sekretem skrywanym przez rodzinne miasteczko Hisako.