Atelier Ryza opowiada historię Reisalin Stout, dziewczyny mieszkającej na wyspie Kurken, marzącej o przeżyciu przygody... Pewnego letniego dnia odkrywa porzuconą łódź i wraz z przyjaciółmi Marslink Lent i Mongarten Tao wyrusza na stały ląd. Po drodze Ryza spotyka alchemika Vollmera Empela i jego towarzysza Decyrusa Lilę, przez co poznaje tajniki alchemii i, przeżywając wiele przygód, wkrótce odkrywa prawdę o swoim domu.