Imperium Klingonów doznaje poważnego ciosu podczas eksplozji kopalni na jednym ze swoich księżyców. W rezultacie klingoni chcą podpisania pokoju z federacją. Kapitan Kirk ma wyruszyć w swą ostatnią misję i przyjąć ambasadora. Niestety wkrótce po przyjęciu na Enterprise, ambasador zostaje zamordowany, a proces pokojowy załamuje się. Klingoni za morderstwo chcą ukarać Kirka (który także zabił kilku klingonów i ukradł im statek w ST III). Kirk i McCoy zostają skazani na ciężkie więzienie (a właściwie obóz pracy). Po uratowaniu ich przez Spoka muszą rozwikłać zagadkę, kto stoi za zabójstwem klingońskiego ambasadora. Jak się okaże pewni klingoni i pewni funkcjonariusze federacji już się dogadali i za wszelką cenę chcą wstrzymać negocjacje pokojowe. Oczywiście wszystko kończy się sukcesem, chociaż Kirk zamiast przekazać statek nowej załodze kieruje się w nieznane sobie miejsce. Natomiast komandor Sulu zostaje kapitanem Excelciora.