Dwa lata po wydarzeniach Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, księżyc, który Hagoromo Otsutsuki dawno temu stworzył, by zapieczętować Statuę Gedo, zaczyna opaść w stronę świata, grożąc zamianą w meteoryt, który zniszczy wszystko przy uderzeniu. W trakcie tego kryzysu bezpośredni potomek Kaguyi Otsutsuki, Toneri Otsutsuki, próbuje porwać Hinatę Hyugę, ale ostatecznie porywa jej młodszą siostrę Hanabi. Naruto i jego sojusznicy podejmują teraz misję ratunkową, zanim zostają uwikłani w ostateczną bitwę o losy wszystkiego.