Gdy rok szkolny dobiega końca, Yugi i jego przyjaciele wracają do liceum. Wśród uczniów pojawia się Aigami – tajemniczy i niepokojący chłopak, którego zachowanie wzbudza narastający niepokój. Tymczasem Kaiba kontynuuje swoją obsesyjną próbę odbudowy Milenijnej Układanki, wierząc, że uda mu się przywrócić Atema do życia i stanąć z nim do ostatecznego pojedynku…