Kiedy kilka statków zostaje zatopionych w wyniku eksplozji w pobliżu wyspy Odo, przez Japonię przechodzi fala niepokoju. Ekspedycja prowadzona przez paleontologa, profesora Kyohei Yemani, odkrywa niewyobrażalne źródło niszczycielskiej siły: 50 metrowego potwora, którego tubylcy z wyspy Odo nazywają Gojira. Potwór zaczyna szaleć, a groźba zupełnego zniszczenia zawisa nie tylko nad Japonią, ale i nad resztą świata.