Top of the lake begynner med et mysterium. Tolv år gamle Tui blir funnet stående i en iskald innsjø med vann opp til livet. Hun er datteren til narkokongen i området, gravid i den femte måned og vil ikke fortelle hvem barnefaren er. Like etterpå forsvinner hun. Den modige, men uerfarne politikvinnen Robin Griffin kommer tilbake til barndomsbyen sin for å etterforske saken. Hun blir besatt av å finne Tui, og for Robin blir letingen også synonymt med å finne seg selv. Forsvinningen avslører en historie med innslag av korrupsjon, incest og vold, som blir rammet inn av det dramatiske fjellandskapet på New Zealand.