Jorden og det parallelle universet Lyoko står overfor tilintetgjørelse. Et supervirus, X.A.N.A. har infisert den sentrale hovedprosessoren til super-computeren. Kun fire barn vet atr Lyoko eksisterer og er i stand til å forpurre den gale computerens onde planer. Yumi, Ulrich, Odd pg Jeremy lever dobbeltliv. De er vanlige kostskolestudenter på jorden og superhelter i Lyokos digitale verden. Deres eneste guide i denne mystiske verden er Aelita, et virtuelt vesen som bor i Lyoko. Med hennes hjelp kjemoer de mot X.A.N.A. for å redde Lyoko og jorden.