I en verden der magi ikke er en eventyrfortelling, men har eksistert i hundre år, forbereder søsknene Tatsuya og Miyuki Shiba seg på å starte studiene ved det eksklusive private magiske universitetet Affiliated High School (kort Magic High School). Ved å gå inn på ulike akademiske nivåer forvandler de den tidligere fredelige campusen til en kaotisk.