Angel Beats finner sted i etterlivet og fokuserer på Otonashi, en gutt som mistet minnene om livet sitt etter å ha dødd. Han er innskrevet i etterlivsskolen og møter en jente som heter Yuri som inviterer ham til å bli med i Afterlife Battlefront - en organisasjon hun leder som kjemper mot Gud. Battlefront-kampen mot elevrådspresidenten Angel, en jente med overnaturlige krefter.