"Fauda" (arabisk for kaos) viser en tosidig historie om den israelsk-palestinske konflikten. Doron, en sjef for en undercover israelsk enhet, som opererer inne i palestinske områder, og hans team, er på jakt etter Hamas terroristen Abu-Ahmed. På den andre siden av gjerdet, det tragiske livet til Abu-Ahmed og hans familie, og årsakene til deres økende hat mot Israel.