Familien Newton bor i sitt komfortable hjem, men det virker som om noe mangler. Dette «hullet» fylles av en liten valp som kommer inn i hjemmet og livene deres. Beethoven, som han heter, vokser opp til å bli en kjempe av en hund ... en sanktbernhardshund. Doktor Varnick, den lokale veterinæren, har en hemmelig og forferdelig sidebeskikkelse som krever mange hunder til eksperimenter. Beethoven står på den dårlige legens liste.