Under konstant angrep av uhyrlige skapninger kalt engler som prøver å utrydde menneskeheten, introduserer U.N. Special Agency NERV to nye EVA-piloter som skal hjelpe til med å forsvare byen Tokyo-3: den mystiske Makinami Mari Illustrous og den intense Asuka Langley Shikinami. I mellomtiden fortsetter Gendo Ikari og SEELE med et hemmelig prosjekt som involverer både Rei og Shinji. Filmen fikk tittelen "Evangelion: 2.22" for DVD / Blu-ray-utgivelsen.