Året er 1943, og Mahitos mor omkommer under den amerikanske bombingen av Tokyo. Familien flytter ut til landsbygda, men den 12 år gamle gutten strever med å finne seg til rette på sitt nye hjemsted. En dag dukker det opp en mystisk hegre. Det viser seg at fuglen kan snakke, og den leder Mahito inn i en parallell verden der moren hans fortsatt lever...