To år etter hendelsene i den fjerde store ninjakrigen begynner månen som Hagoromo Otsutsuki skapte for lenge siden for å forsegle Gedo-statuen å synke ned mot verden, og truer med å bli en meteor som vil ødelegge alt ved nedslaget. Midt i denne krisen forsøker en direkte etterkommer av Kaguya Otsutsuki ved navn Toneri Otsutsuki å kidnappe Hinata Hyuga, men ender opp med å bortføre hennes yngre søster Hanabi. Naruto og hans allierte setter nå i gang en redningsaksjon før de blir involvert i en siste kamp for å avgjøre skjebnen til alt.