Gruppen av kapere kjent som Blue Steel fortsetter sitt oppdrag med å levere tegninger av Vibration Warhead Torpedo, et våpen som kan snu krigens gang til deres fordel, til USA. En ny trussel oppstår imidlertid fra fienden, den overveldende Tågeflåten i form av "The Student Council", en gruppe krigsskip bestående av de gjenværende Mentalmodellene, skipenes humanoide avatarer, som ennå ikke har møtt den uforutsigbare kapteinen på Blue Steel, Gunzou Chihaya. Etter hvert som Blue Steel nærmer seg forståelsen av opprinnelsen til autoriteten som kontrollerer fienden, avslører Ionas fortid begynnelsen på krigen og hennes grunn til å støtte menneskeheten.