Het is het jaar 0083 van de Universele Eeuw. Het opstandige Vorstendom Zeon is verslagen door de Aarde federatie in de Eenjarige Oorlog. Een factie van de Restanten van Zeon, onder leiding van Aguille Delaz, is gevlucht voor het laatste gevecht en is ondergedoken. Na drie lange jaren proberen ze weer op te staan door Delaz"s piloot Anavel Gato te sturen om een onderzoeksbasis van de Federatie te infiltreren en een van de twee in het geheim ontwikkelde Gundam-prototypes te stelen. Bedreigd door de afvallige Gundam en in een poging om de vrede te bewaren, mobiliseert de Earth Federation het nieuw ontwikkelde vliegdekschip Albion om de gestolen eenheid terug te krijgen. Met de overgebleven testpiloten en groentje Kou Uraki aan het stuur van het overgebleven Gundam-prototype, zijn de Albion en zijn bemanning vastbesloten om Gato te stoppen, de gestolen Gundam terug te nemen en te voorkomen dat de overblijfselen van de Zeon een nieuwe oorlog beginnen.