Heroes gaat over gewone mensen die ontdekken dat ze speciale gaven bezitten. Gaven zoals gedachten lezen, onkwetsbaar zijn en de tijd stop zetten. De vraag is, wat doen ze met deze speciale krachten. Mohinder Suresh gaat op zoek naar deze mensen en zet daarmee het werk van zijn vader voort. De Japanse Hiro reist ondertussen, samen met zijn vriend Ando naar New York om de wereld te redden. Peter Petrelli probeert zijn broer Nathan te overtuigen van hun speciale krachten en gaat op zoek naar de cheerleader Claire, want om de wereld te redden, moet hij deze cheerleader redden. De helden worden tegengewerkt door een mysterieuze man met een bril (Mr. Bennet) en de seriemoordenaar Sylar.