Het verhaal draait om Haruka Nanase, een jongen die er altijd van heeft gehouden om ondergedompeld te worden in water en erin te zwemmen. Voordat hij afstudeerde van de lagere school, nam hij deel aan een zwemtoernooi samen met zijn zwemclubleden, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki en Rin Matsuoka. Na het behalen van de overwinning ging elk van de jongens zijn eigen weg. De tijd verstreek en midden in hun rustige middelbare schoolleven verschijnt Rin en daagt Haruka uit voor een wedstrijd, waarbij hij Haruka zijn overweldigende kracht laat zien. Haruka wil niet dat het zo eindigt, en verzamelt Makoto en Nagisa opnieuw en brengt een nieuw lid genaamd Rei Ryugazaki mee om de Iwatobi High School Swimming Club op te richten om Rin te verslaan.