De 15-jarige Yuji Sakai is vermoord door een demonisch wezen en heeft zijn levenskracht vervangen door een vlam die elke dag dooft. Als de vlam dooft, zal niemand zich herinneren dat hij ooit leefde. Zo ontmoet hij Shana: een krijger met een brandend zwaard en de wil van een god als haar gids. De twee vormen een band als Yuji Shana"s medeplichtige wordt in haar strijd om het evenwicht tussen de gewone wereld en de hare te bewaren.