'Lost City of the Ancients', ontdekt de 'Stargate Command' een nieuwe wereld: het legendarische Atlantis. Deze nieuwe wereld zit niet alleen vol met vernieuwende technologieën en bondgenoten, maar er huist ook een dodelijke nieuwe vijand! Terwijl het team meer en meer ontdekt in Atlantis blijkt dat zij te weinig kracht te hebben om naar huis terug te keren. Het begint er op te lijken dat hun reis naar Atlantis meer wordt dan alleen een kort bezoek...