In de jaren 2030 is de aarde overspoeld door de blauwe, gemuteerde insectachtige wezens die mensen doden en oogsten voor voedsel. Het grootste deel van de overlevende mensheid is verhuisd naar Second Earth, een enorm ruimteschip dat in een baan om de planeet draait. Yuji en Marlene moeten samenwerken om Second Earth te bereiken en tegen de Blue te vechten.