Koguma is een middelbare schoolmeisje in Yamanashi. Ze heeft geen ouders, vrienden of hobby's en haar dagelijkse leven is leeg. Op een dag krijgt Koguma een gebruikte Honda Super Cub-motorfiets. Dit is de eerste keer dat ze op een motorfiets naar school gaat. Zonder benzine komen te zitten en een omweg maken, worden een kleine bron van avontuur in Koguma's leven. Ze is tevreden met deze vreemde transformatie, maar haar klasgenoot Reiko praat uiteindelijk met haar over hoe ze ook met de motor naar school gaat. One Super Cub begint de wereld van een eenzaam meisje te openen en haar kennis te laten maken met een nieuw dagelijks leven en vriendschap.