Wonen aan zee, de zee beschermen en over de zee reizen... Zij zijn de Blauwe Zeemeerminnen! Als gevolg van een verschuiving van de tektonische platen ongeveer 100 jaar geleden verloor Japan een groot deel van zijn oppervlakte door overstroming. Om de Japanse territoria te behouden ontstonden de een na de ander kuststeden. Uiteindelijk werden het zeesteden, en samen met de uitbreiding van de vaarroutes om ze met elkaar te verbinden ontstond er behoefte aan een aanzienlijke staf om de zeeën te beschermen. Tegelijkertijd werden maritieme banen steeds populairder onder vrouwen. Daarom waren de Blauwe Zeemeerminnen, belast met het veilig houden van de zeeën, de droombaan van elke vrouwelijke student geworden. Dit is het moment waarop jeugdvrienden Akeno Misaki en Moeka China zich inschrijven voor een maritieme middelbare school in Yokosuka, samen met andere meisjes die hun doel delen om een ​​Blauwe Zeemeermin te worden.