Masaru, is een tweedejaars junior high -student en is ongeslagen in de strijd, hij ontmoet het digitale monster Agumon, die is ontsnapt uit DATS, een geheime overheidsorganisatie. Ondanks vreselijke eerste indrukken worden de twee beste vrienden door te praten met hun "vuisten". Met anderen, Masaru en Agumon werken aan het onderzoeken van verschillende incidenten met de digitale wereld en digitale monsters, om de kern van de zaak te achterhalen.