In het jaar 2138 is gamen in virtual reality volop aan het groeien. Yggdrasil, een populair online spel, wordt op een dag stilletjes afgesloten. Een speler genaamd Momonga besluit echter niet uit te loggen. Momonga wordt vervolgens omgevormd tot een skeletbeeld als "de meest krachtige tovenaar". De wereld blijft veranderen, terwijl NPC's (non-player characters) beginnen emoties te voelen. Zonder ouders, vrienden of een plek in de maatschappij, probeert deze gewone jongeman Momonga de nieuwe wereld te overnemen die het spel is geworden.