Acht jaar na de mysterieuze dood van zijn vader ontdekt Kaito Kuroba, een ietwat ondeugende maar verder gewone tiener, een schokkend geheim: de Phantom Thief Kaito Kid, ook wel bekend als 'The Magician Under the Moonlight', was niemand minder dan zijn eigen vader. . De voormalige dief werd vermoord door een criminele organisatie die op zoek was naar een mythische steen genaamd de Pandora Gem, waarvan wordt gezegd dat deze een traan laat vallen bij het passeren van de Valleikomeet die elke tienduizend jaar komt. Wanneer de traan wordt verteerd, schenkt de edelsteen onsterfelijkheid.