Op het Jeffersonian Instituut werkt Temperance Brennan die als forensisch antropologe samen met haar team van uitermate getalenteerde wetenschappers de FBI helpt om moordzaken op te lossen.
Niet alleen oude, onopgeloste moordzaken worden opgelost, maar ook recente moordzaken. Tijdens haar werk voor de FBI werkt ze samen met Seeley Booth. Tussen de FBI en het Jeffersonian Instituut bestaan soms onenigheden, zoals die ook tussen Brennan en Booth bestaan. Maar uiteindelijk lossen de twee partijen de zaken altijd weer op.
Brennan en Booth onderzoeken een treinongeluk waarbij belangrijke mensen zijn omgekomen, waaronder een senator een bekende zakenman. Brennan ontdekt echter dat de schade van de zwaar uitgebrande wagen niet enkel veroorzaakt kan zijn door de botsing met de trein en vermoedt dat er kwaad opzet in het spel is. Haar vermoedens worden bevestigd in het laboratorium, wanneer blijkt dat het mannelijke slachtoffer - voormalig basketbalicoon en succesvol zakenman Warren Lynch - al enkele uren dood was vooraleer de trein hem raakte. Brennan pluist de moordzaak verder uit, maar vindt dat ze wordt tegengewerkt door haar nieuwe bazin, dokter Camille Saroyan. Daarnaast zet ze de zoektocht naar haar vader verder, maar die wil er blijkbaar alles doen om niet gevonden te worden...
When the remains of a young pregnant woman and fetus are found in the Delaware Bay and identified as a newlywed who disappeared a year earlier, the investigation is aimed toward her husband, but takes a surprising turn. Booth is upset that his ex-girlfriend is letting their son spend time with her new boyfriend.
Het lichaam van een jongeman wordt gevonden naast een omgevallen vuilniswagen. Brennans verleden als pleegkind beïnvloedt haar beoordelingsvermogen. Hij werd drie weken geleden als vermist opgegeven door zijn ouders, die nu vermoeden dat diens 15-jarige liefje Kelly Morris - een kind uit een pleeggezin - verantwoordelijk is voor de dood van hun zoon. Brennan en Booth beginnen de zoektocht naar Kelly, die eveneens al drie weken spoorloos is...
After digging up the skeletal remains of a young girl, the investigation points to a convicted serial killer on death row. The team follows cryptic clues that lead to another body, an accomplice, and a victim who may still be alive.
Booth en Brennan onderzoeken een lichaam dat is gevonden bij een bouwplaats. Nieuwe informatie over het leven van de man helpt wellicht bij het oplossen van de zaak. Een speurtocht doorheen de medische databank van het Jeffersonian Institute levert hen uitsluitend de namen van enkele kinderen op, die aan dezelfde aandoening lijden. Van twee van hen is de vader al enkele dagen vermist. Bij nader onderzoek blijkt het om dezelfde man te gaan, een elektricien die er een dubbelleven op na hield bij twee verschillende vrouwen...
Brennan en Booth onderzoeken een dodelijke explosie in een hotel waar een conferentie over drugshandel werd gehouden. Aanvankelijk wordt gedacht dat zij een bomaanslag pleegde, maar onderzoek wijst uit dat de explosie volgde op een kleine brand. Bij de autopsie van de jongedame wordt bovendien duidelijk dat ze gewurgd werd. Volgens Brennan kan er geen twijfel over bestaan : iemand heeft Lisa vermoord en vervolgens de kamer in brand gestoken om zijn of haar sporen uit te wissen.
The team investigates the death of a 10-year-old beauty pageant star. The other contestants, their parents, and their siblings all become possible suspects. Hodgins and Angela go on a date that actually goes well, despite what everyone else predicted.
De overblijfselen van een aanklager worden gevonden vlakbij Las Vegas. Hun onderzoek leidt Brennan en Booth naar de gokwereld. Maar wanneer Brennan de stoffelijke resten van de man bestudeert, merkt ze plots een aasgier in de buurt op. Die leidt haar naar een tweede lijk iets verderop : een vrouw die minder dan een week geleden om het leven werd gebracht. Dit kan geen toeval zijn...
Brennan zoekt een moordenaar die zijn slachtoffers levend begraaft en ze laat sterven als hij het geëiste losgeld niet krijgt. Als de gevraagde geldsom niet meteen wordt opgehoest, laat hij hen - letterlijk en figuurlijk - stikken. Bones en haar collega's zijn vastberaden de seriemoordenaar te klissen. Maar net wanneer haar onderzoek de juiste richting uitgaat, wordt ze zelf door hem ontvoerd. Samen met Hodgins wordt ze in haar wagen meters diep onder de begane grond begraven...
While investigating the death of a film student who was working on a documentary about the legend of a headless witch who haunted the woods in the 1700s, Brennan develops a strong bond with the victim's brother.
Booth and Brennan are called to the scene where a man's body was found hung like a scarecrow, gutted, and burned on the roof of a building used by the FBI to hide witnesses.
The notorious serial killer, Howard Epps, sets his prison cell on fire as part of a daring prison escape. Brennan is his target and her entire team is placed in danger.
Brennan has to work with another agent while Booth needs to see a therapist. The duo investigate the death of a college freshman, who took part in a 'Girls Gone Wild' type of video.
Booth and Brennan investigate the death of Terence Bancroft, one of the Jeffersonian's major donors, found dead at his home. Hodgins' relationship with the wife of the deceased years earlier, compromises the case.
Het lijk van een vrouw - ontdaan van alle botten - wordt aangetroffen in een rivier. Booth heeft hulp nodig en Brennan onderbreekt hiervoor haar vakantie. Langzaam maar zeker slaagt Brennans team er toch in de vrouw te identificeren. Het blijkt te gaan om Li Ling Fan, een jonge Chinese immigrante die naar de Verenigde Staten kwam om te trouwen met haar Amerikaanse vriend. Die had ze via een huwelijksbureau leren kennen. Booth ondervraagt Drew Harper, de verloofde van Li Ling Fan en een importeur van illegale, Chinese wapens. Die beweert het huwelijk onlangs geannuleerd te hebben omdat ze ernstig ziek was...
A broken water main uproots multiple coffins in an old graveyard. When the team is brought in to identify the bodies for re-interment, they discover a newer skeleton that should not be in the graveyard, which has not been used for 50 years.
Brennan onderzoekt de botten van een man die is vermoord met een pikhouweel en daarna is begraven in nat cement. Booth weigert dit te geloven en start zijn zoektocht naar Kennedy. Maar die vastberadenheid dreigt hem zuur op te breken. Ondertussen krijgt Brennan het bezoek van haar vader, die aandringt om haar te helpen bij het onderzoek...
When Angela draws the face of an old woman to go with the decomposed skeleton of someone much younger, they soon learn the victim had Progeria, an aging disease. Booth and Brennan investigate to discover who would want to kill such a fragile person. Meanwhile, Hodgins and Angela's walk down the aisle doesn't go as planned.
