Eerstejaarsstudent Hiro Amanokawa activeert een mysterieus apparaat dat zijn vader heeft achtergelaten, genaamd 'Digivice', dat onbekende wezens die niet door gewone mensen kunnen worden gezien, de Digimon, zichtbaar maakt voor zijn ogen. Dit is het verhaal van deze andere kant van de wereld waar niemand zich van bewust is. Met hun vrienden duiken Hiro en Gammamon in de mysterieuze wereld waar deze wezens leven.