FBI-agent Audrey Parker wordt naar de fictieve stad 'Haven' in Maine gestuurd om een moordzaak op te lossen. Daar krijgt ze te maken met de door de plaatselijke bewoners genoemde troubles, allerhande bovennatuurlijke verschijnselen die plaatsvinden in de stad. Gaandeweg ontdekt Parker de geheimen achter de verschijnselen evenals haar eigen betrokkenheid in haar verleden met de stad. Daarbij wordt ze geholpen door plaatselijk politieagent Nathan Wuornos en smokkelaar Duke Crocker.