In deze alternatieve versie van Fate/Stay Night wordt de hoofdrol gespeeld door de tienjarige Illya, die eigenlijk een normaal meisje is dat samenwoont en naar school gaat met haar broer Shirou. Maar op een dag duikt de toverstaf Ruby, die onlangs zijn meester heeft 'ontslagen', bij haar thuis op en maakt Illya zonder meer zijn nieuwe minnares. Het duurt niet lang voordat haar voorganger, Rin Tousaka, op het toneel verschijnt en Illya overhaalt om haar te helpen met een belangrijke taak. Rin zou met de hulp van Ruby magische kaarten verzamelen, die de vorm hebben aangenomen van de dienaren uit Fate/Stay Night. Maar dat is niet alles; korte tijd later ontmoet Illya een ander meisje dat, net als zij, onverwachts een Magisch Meisje is geworden.